21世纪的合成生物学在设计自动化会议(Design Automation Conference, DAC)上成为热点,未来的EDA工具可能在此领域大行其道。在一个关于合成生物学的特殊会议上,普林斯顿大学电气工程和分子生物系研究人员Ron Weiss透露已经开发了一个综合的计算/实验方法来管理包括细菌干细胞在内的生物系统的复杂行为。
Weiss详细介绍了他的团队如何利用电气工程和其他学科的设计方法,如抽象、标准化、模块化和计算机辅助设计。他透露,我们将细胞作为可编程物质,通过基因工程为细胞装配新的复杂功能,进行基因调控、信息处理和交流。这些新功能作为合成生物学的催化剂,这是一个新兴的工程学科,就像对计算机编程一样对细胞行为进行编程。
Weiss和他的同事在研究中使用抽象、合成、接口规范等计算机工程原理,构建配备有通过模拟和数字逻辑电路精确控制的传感器和制动器的可编程生物体。Weiss表示,已经构建了合成基因网络,在各种细胞类型中实现了生化逻辑电路,包括Escherichia大肠杆菌、Saccharomyces干酵母和哺乳动物干细胞。电路中包括了各种数字和模拟器件,如AND、NOT、IMPLIES逻辑门和模拟信号放大器。Weiss和他的团队最近获得了初步试验结果,通过不同的肝细胞进行精确的空间与时间控制。
杜克大学Institute for Genome Sciences & Policy学院研究人员Lingchong You在会议上讨论了对细菌进行重新编程作为治疗药剂的努力,例如用于传送药物或者选择性的杀死肿瘤细胞。
加州大学旧金山分校的研究人员Jeffrey Tabor对活体细胞的基因组进行重新编程,构建大规模并行生物计算机,能够以每平方英寸超过100兆像素的理论精度处理2维图像。